En 1996 Max Biaggi es tricampeón: Malasia, Japón, España, Italia, Francia, Gran Bretaña, República Checa, Cataluña, Australia son las etapas de un camino triunfal en el que Biaggi consigue su tercer mundial consecutivo. Aprilia también se adjudica el título de constructores de 125, gracias a las victorias de Tokudome en Indonesia, Japón, Alemania y San Marino, de Perugini en Malasia y Gran Bretaña, del jovencísimo Valentino Rossi en la República Checa, de Oettl en Italia y de Gary McCoy en Australia.
En 1997 Aprilia gana dos Campeonatos del Mundo: Pilotos y Constructores en la categoría de 125. El nuevo abanderado es Valentino Rossi, que se impone literalmente en esta categoría, logrando 11 victorias en 15 carreras: Malasia, España, Italia, Austria, Francia, Holanda, San Marino, Alemania, Brasil, Gran Bretaña, Cataluña e Indonesia.
En la temporada de 1998 Aprilia vive un momento de gloria: gana 13 de los 14 GP de la categoría de 250 y deja a la competencia solamente la carrera de inauguración celebrada en Japón. Loris Capirossi gana el título de Pilotos. La superioridad de la Aprilia 250 es tal que sus pilotos ocupan cuatro veces todos los puestos del podio.
Aprilia también gana el Mundial de Constructores de 250 con gran ventaja.
En la categoría de 125 Kazuto Sakata gana el Mundial de Pilotos imponiéndose en Gran Bretaña, Francia, España y Japón.
1999 es el año de Valentino Rossi. Se proclama campeón en 250 con la formidable bicilíndrica Aprilia RSW, logrando nada menos que 9 victorias. Detrás de Rossi, también destacan las Aprilia “clientes” con Battaini, Waldmann, McWilliams y Lucchi. Gracias a ellos, Aprilia logra el doblete y se adjudica el Mundial de Constructores. El atrevido proyecto de la 500 bicilíndrica vive un momento de gran esplendor en Donington. Harada está más próximo a la victoria que nunca después del podio de Paul Ricard y los cuartos puestos de Mugello (donde logró la pole position) y Cataluña. En 1999 Aprilia debuta en el mundial SBK con la bicilíndrica RSV Mille; la marca de Véneto se aventura por primera vez con las grandes motos de carreras de 4T.