En 1996 Max Biaggi remporte son troisième titre de champion du monde: Malaisie, Japon, Espagne, Italie, France, Grande Bretagne, République Tchèque, Catalogne, Australie sont les étapes d'une marche triomphale qui porte Biaggi à son troisième titre consécutif. Le titre des constructeurs en catégorie 125 est également décroché, grâce aux victoires de Tokudome en Indonésie, au Japon, en Allemagne et à San Marin, de Perugini en Malaisie et en Grande Bretagne, du tout jeune Valentino Rossi en République tchèque, d'Oettl en Italie et de Gary McCoy en Australie.
En 1997 deux Championnats du monde sont également remportés par Aprilia: Pilotes et Marques 125. Le nouveau porte-drapeau est Valentino Rossi, qui domine littéralement la catégories des plus petites en remportant 11 victoires en 15 courses: Malaisie, Espagne, Italie, Autriche, France, Hollande, San Marin, Allemagne, Brésil, Grande Bretagne, Catalogne et Indonésie.
La saison 1998 est un triomphe pour Aprilia qui remporte 13 Grands Prix sur 14 dans la catégorie 250, laissant juste une place à la concurrence lors de la course d'ouverture au Japon. Loris Capirossi remporte le titre des Pilotes. La supériorité de l’Aprilia 250 est telle que tous ses pilotes se retrouvent par quatre fois ensemble sur les marches du podium!
Aprilia remporte haut la main le titre Mondial des Constructeurs 250.
Dans la catégorie 125, Kazuto Sakata remporte le Mondial des Pilotes grâce à une saison où il s'impose en Grande Bretagne, en France, en Espagne et au Japon.
L'année 1999 est celle de Valentino Rossi qui remporte le titre 250 en selle de l'époustouflant bicylindre Aprilia RSW, avec 9 victoire à son palmarès. Derrière Rossi, les « clients » Aprilia se mettent également en évidence avec Battaini, Waldmann, McWilliams, Lucchi. C'est aussi grâce à eux qu'Aprilia remporte pour la deuxième fois le Mondial des Constructeurs. Le courageux projet du bicylindre 500 cm 3 connaît un moment de splendeur: à Donington. Harada a la victoire à portée de main après être monté sur le podium du Paul Ricard et s'être classé quatrième à Mugello (où il s'adjuge la pole position) et en Catalogne. L'année 1999 marque aussi les premiers pas d'Aprilia au mondial de SBK avec le bicylindre RSV Mille; le constructeur vénitien se confronte pour la première fois aux grandes motos de compétition à 4T.